Особое место в творчестве Верфеля занимает роман «Сорок дней Муса-дага» (1934). В основу произведения легли реальные события, имевшие место в Суедии (Алеппский вилайет, Киликия) в 1915 году, когда турецкие погромщики предприняли попытку выселить жителей армянских селений этого края, расположенного на побережье Средиземного моря. Армяне приняли решение не подчиняться предписаниям турецких властей, покинули дома, поднялись на гору Муса и организовали там оборону, которая длилась 53 дня. В романе «Сорок дней Муса-дага» Верфель показывает судьбу горстки армян, оторванных от всего мира, которые защищают свою жизнь, честь и свободу вероисповедания младотурецких варваров, учинивших геноцид армян в Османской империи. Автором использованы опубликованные свидетельства многих очевидцев события, материалы прессы. Верфель также изучил историю армянского народа, его культуру и религию; с этой целью несколько месяцев он работал в библиотеке Венской конгрегации мхитаристов.

Роман переведен более чем на 20 языков, включая армянский. Верфель выступает в нем как художник-летописец, воздвигающий величественный памятник героям и мученикам прошлого, и как художник-пророк, предостерегающий человечество от величайших угроз, от новых народоубийц. В этом непреходящее значение романа. Это художественное свидетельство страданий и героизма и вместе с тем воплощение самых высоких нравственных ценностей — благородного патриотизма, непримиримости в борьбе с насилием и варварством. 

В 1934 роман был признан лучшим произведением года и удостоен международной литературной премии, и сегодня по-прежнему считается одним из лучших произведений Франца Верфеля.